Количественное определение микробных сообществ полости рта с использованием хромато-масс-спектрометрии микробных маркеров

ОГЛАВЛЕНИЕ
Список сокращений 
Введение 
Глава 1. Литературный обзор
1.1. Применение метода массспектрометрии микробных маркеров МСММ для идентификации микроорганизмов в биологических объектах 
1.2. Природные антимикробные средства  эфирные масла, получение, химический состав 
1.3. Бактерицидная активность эфирных масел 
1.4. Антиоксидантная активность эфирных масел 
Глава 2. Экспериментальная часть
2.1. Оборудование 
2.2. Материалы 
2.3. Методы .
2.3.1. Анализ химических маркеров микроорганизмов слизистой оболочки полости рта 
2.3.2. Определение метрологических характеристик 
2.3.3. Получение эфирных масел 
2.3.4. Определение состава эфирных масел по массспектрам и линейным индексам удерживания 
2.3.5. Определение бактерицидной активности эфирных масел по отношению к чистым культурам микроорганизмов 
2.3.6. Хроматографическое изучение антиоксидантной активности эфирных масел 
2.3.7. Оценка эффективности бактерицидного действия эфирного масла на микробиоту полости рта 
Глава 3. Результаты исследований
3.1. Хроматомассспектрометрическое исследование химических маркеров микроорганизмов слизистой оболочки полости рта 
3.2. Метрологические характеристики аналитической методики определения химических маркеров микроорганизмов 
3.3. Химический состав эфирных масел дикорастущих растений Сибирского региона 
3.4. Бактерицидная активность эфирных масел по отношению к чистым культурам микроорганизмов 
3.5. Антиоксидантная активность эфирных масел 
3.6. Количественная оценка эффективности бактерицидного действия эфирного масла пихты сибирской на микробиоту слизистой оболочки полости рга 
Выводы 
Список литературы


Он отличается от зарубежных прототипов применением режима селективных ионов вместо полного сканирования массспектра и введением вместо одного маркера  сразу 0 маркеров, перекрывающих все изученное многообразие микроорганизмов в природе. Бактериям свойственно большое разнообразие ЖК и жирных альдегидов. В настоящее время их насчитывают более двухсот пятидесяти. В организме человека их всего около двадцати пяти. Это обстоятельство определяет возможность родового или видового анализа инфекций и дисбиозов на преобладающем фоне биологической жидкости непосредственно в клиническом материале. ЖК в бактериях входят в состав различных классов липидов фосфолипидов, гликолипидов, гликофосфолипидов, орнитин и лизинсодержащих липидов, ацилглицеринов, эфиров жирных кислот, липопротеинов и липополисахаридов наружной мембраны грамотр и нательных бактерий, некоторых других липидов . Их содержание у большинства бактерий составляет 2  . Длина цепи ЖК бактерий в основного составляет  атомов углерода. Из насыщенных жирных кислот в наибольшем количестве содержится гексадекановая пальмитиновая, из ненасыщенных  цис9,гексадеценовая пальмитолеиновая и цис, окгадеценовая цисвакценовая. Последнюю считали ранее маркером патогенных бактерий псевдомонады, энтеробактерии и другие, однако в организме человека в норме ее присутствие в основном определяется лактобациллами. Трансвакценовая кислота характерна для i i. Реже у бактерий встречается цис9, октадеценовая олеиновая кислота, обычно содержащаяся в липидах эукариот , , . Для бактерий не характерны гюлиненасьпценные ЖК, однако у некоторых из них . Vii, xii и др. Жирные кислоты с разветвленной цепью встречаются в изоформе с локализацией метильной группы у предпоследнего атома углерода и антеизоформе с локализацией метильной фуппы у 3го от конца атома углерода. Преобладание в жирнокислотном спектре кислот с разветвленной цепыо характерно для бактерий значительного числа таксономических групп . Коринебактериям и микобактериям, присуще наличие метилоктадскановой туберкулостеариновой кислоты с локализацией метильной фуппы у го атома углерода, а родококки имеют в клеточной стенке метилгексадекановую кислоту, которая является хорошим маркером клинически значимого вида  i , . Гидроксикислоты содержат ОПгруппу у 2го или 3го атома углерода соответственно а и гидроксикислоты. Главным образом, они являются компонентами липида А липополисахаридов фамотрицательпых бактерий. Основной кислотой, связанной амидной связью в липиде А липополисахаридов , ii, , i, , является 3гидрокситетрадекановая гидроксимиристиновая, 0 ЗОН кислота. Одно время она считалась маркером . Оказалось, что 0 ЗОН кислота содержится также в клетках фузобактерий, нейссерий, гемофильной палочки и других микроорганизмов. Виды . ЛПС 2 и 3гидроксидодскановые а и гидроксилауриновые и 3гидроксидекаковую кислоты в разных соотношениях, что позволяет различать их по родам в сообществах. Помимо более распространенных гидроксикислот в состав липополисахаридов многих бактерий входят агидроксикислоты. Штаммы , i и   содержат 2ги дроке итетрадекановую агидроксимиристиновую кислоту,   ii и  i  2гидроксидодекановую гидроксилауриновую кислоту. В состав липидов многих бактерий входят уникальные жирные кислоты  циклопропановые, образующиеся из мононенасыщенных жирных кислот. Циклопропановые жирные кислоты имеют цис конфигурацию. Для бактерий видов i, , , i и других характерна цис ,метиленоктадекановая лактобацилловая кислота, происходящая из щсвакценовой кислоты и гщо9ДОметиленгексадекановая кислота у представителей сем. К настоящему времени состав жирных кислот большинства микроорганизмов изучен, показана его воспроизводимость, доказана их родо и видоспецифичность . Метод детектирования микроорганизмов по ЖКмаркерам сходен с генетическим анализом ГИДР, определение последовательности нуклеотидов  и пр. ДНК и воспроизводится путем репликации участка генома транспортными РНК и последующего синтеза ЖК в митохондриях по матричным РНК. Т.е, профиль ЖК так же консервативен, как и строение ДНК.